In dem zwischen 881 und 899 entstandenen Zehntverzeichnis des Klosters Hersfeld wird Benndorf als zehntpflichtiger Ort Bebendorpf im Friesenfeld erstmals urkundlich erwähnt. Der Name lässt Rückschlüsse auf eine fränkische Gründung zu, die Vorsilbe 'Benn' dürfte von einem Vornamen her kommen.

Im Ort befand sich ein Rittergut, nach diesem benannte sich die Familie von Benndorf, eine erloschene Ministerialenfamilie. Dieses Gut stand im 19. Jahrhundert im Besitz von Julius von Zech-Burkersroda.

Benndorf hatte eine romanische Saalkirche, die 1944 durch Luftangriff zerstört wurde. Die Ruine wurde zunächst als Sommerkirche hergerichtet, bis sie 1955 mit dem ganzen Ortsteil wegen des Braunkohletagebaues abgerissen wurde.

Am 1. Juli 1950 ging Benndorf zur Gemeinde Neumark, diese kam dann 1960 zu Braunsbedra.